Instituce vede s firmou správní řízení o odnětí licence poté, co jsou Jindřichohradecké místní dráhy od října v úpadku a kvůli chybějící licenci musely na trati z Nové Bystřice do Obrataně zastavit provoz. Společnost podle insolvenční správkyně navíc nesplňuje ani podmínky pro to, aby jí soud povolil reorganizaci. Jihočeský kraj společně s Krajem Vysočina v úseku prozatím zavedli náhradní autobusovou dopravu.